曲牌制戏曲的音乐体制是一套繁琐的宫调系统，北曲的联套结构十分严密，每一套数都限制在特定的宫调中，其首曲、过曲和结尾都要选用同一宫调的曲牌，而且排列次序都有严格的规定，不能随意更改增删。南曲虽略显宽松，可以“声相近为邻”，可以南北合套，同一支曲还可以犯调、摊破与换头，但也还是有一定的限制，不能随心所欲。相对而言，永昆则更加宽松。

就整体的联套风格而言，永昆剧目的曲牌组合已经完全淡化了宫调属性，只要笛色相通，都可以联套。一场戏的套曲可以不局限在同一个宫调中， 即首曲和中间过曲的标准音高可以不同。不仅如此，甚至同一支曲牌在二人对唱时，也会突然在中间转换成另一个宫调。如《荆钗记·参相》一场， 万俟卨唱【八声甘州】过曲，用的是小工调（D调）：“穷酸魍魉，对吾行怎敢数黑论黄？ 装模作样，恼得我气满胸膛！”王十朋接唱“平生曾读书几行⋯⋯”的一段便转成了乙字调（A调） ，把音准一下子提高了五度。这一转调，有力地表现出王十朋和万俟卨丞相的情绪对立，加强了王十朋不畏权贵的正直品格。永嘉昆剧曲牌音乐可以 “改调而歌”的特点，使它在音乐上呈现出极大的丰富性和灵活性。这种多元的音乐结构或许就是温州南戏那种“不叶宫调”的延伸，具有原始质朴的自然风味。

1958年，永嘉昆剧团正吹徐剑鸣曾从事永嘉昆剧曲牌的搜集整理，它把各个传统剧目中曾使用的曲牌按宫调属性加以分类，包括南北合套、犯宫、犯调在内，共约千余曲，其中有些曲牌名和旋律均为历代曲谱所未收。如永昆自编剧目《匿锁记》中小生李正明所唱的【七星赞】，系从佛曲中引进，经改造而成。小生边唱边跪拜，手中的佛香不断改变姿势，凡三变而无一重复，令人叹为观止。此外还有一些牌子曲如【青云才子】、【拉勇阵】等，就连温州地方戏曲剧种中也极少使用，属于永嘉昆剧所独有。

最使学者们感兴趣的就是所谓的“九搭头”，上世纪80年代初，有人在刊物上发表文章，认为以“九搭头”为代表的永嘉昆剧音乐结构，乃是海盐腔的遗响。

所谓“九搭头”，是指永嘉昆剧音乐中的一些只有基本腔格而没有固定旋律的常用曲牌， “九”的意思是言其多，并不是只有九支。“搭”含有“搭拢”、“搭配”和“活用”等义。

前已述及， 永嘉昆剧在曲牌的使用上比较灵活， 没有太多的限制，有时就依靠“九搭头”来作为联套的基础，温州话谓之 “箍”（读作qiu丘，套用之意）。即使是原本调性不同的曲牌，经“九搭头”套用后，也可以组合到一个套曲中去，甚至可以突破曲牌固有的格律。由于“九搭头”的嵌入，演员可以根据剧情和不同角色的特定感情需要而选择使用，具有很大的随意性和灵活性。由于“九搭头”具有一定的腔格， 因而在唱腔旋律的发挥上仍有一定的规律可循，不至于南辕北辙， 漫无边际。“九搭头”通常在艺人的自编剧目和路头戏中使用较多，在传统老戏中却很少出现。

资深的声腔学家郑西村先生对“九搭头”的实际应用作了较详细的论述[1]，还专就剧情进展需要时，如何根据剧中人的感情选用“九搭头”曲牌， 如：“猝遇大敌，痛哭号啕，多用【小桃红】、【山坡羊】； 良辰美景、赏心乐事，多用【玉芙蓉】、【锦堂月】； 思前顾后， 哀哀欲绝，多用【五更转】、【香罗带】；怀人幽怨，两情缱绻，多用【二郎神】、【集贤宾】；生离死别，寸心如割，多用【鹧鸪天】、【胜如玉】；逃灾避祸，踉跄上路，多用【香柳娘】、【东瓯令】；故交乍逢，倾听心曲，多用【桂枝香】、【梁州序】；两人口角，各执一词，多用【锁南枝】、【孝顺歌】； 自伤自怜，夹白带唱， 多用【金绺索】、【步步娇】；满腹含冤， 隐痛难言，多用【解三醒】、【江头金桂】；壮怀磊落、感慨苍凉，多用【尾犯序】、【锦缠道】；看花步月、游寺赴会， 多用【驻云飞】、【懒画眉】⋯⋯”从上述例证， “九搭头”使用之广，或可见一斑。

永嘉昆剧与苏州昆曲同属南曲系统，所用的宫调、曲牌与苏昆大同小异，但从他们不同的记谱方法来看， 似乎属于两个不同的系统。苏昆从明末清初以来一直使用“工尺谱”，从艺人员不论角色行当或音乐场面均须研习。这种谱式比较严密完备， 曲文旁记有斜行的“工尺”（旋律符号） ，再添出板眼，只要按谱寻声，则旋律、节奏、板眼尽在其中。苏昆艺人大都具有较强的识谱能力。南曲文献如清初宫廷编撰的《九宫大成南北词宫谱》、乾隆间叶堂编《纳书楹曲谱》等都用此法记谱。

历代永嘉昆剧艺人大都从小随班学艺，文化水准较低，剧目的传授大都依靠师傅的言传身教，只能口口相传，心中默记。他们一般不懂“工尺谱”，用的是一种被称之为“三点指”或“三指板”的谱式，民间则称之为“乌佬谱”。这种谱式在曲文旁边不注工尺旋律，只注有“、■ ■”等符号来表示不同的的板式。使用“三点指”谱式的前提，是演员必须熟记每一支曲牌的基本腔格，明确曲文的行腔与板眼之间的关系，求得融会贯通。这种谱式的长处是比较灵活，能够举一反三，如艺人一旦学会并熟记《琵琶记·书馆》中的曲牌【解三醒】，他日再学《绣襦记·面讽》、《紫钗记·折柳》中的【解三醒】，只要点出板之所在，便能“倚声度曲”，毫不困难。

据专家研究， “三点指”谱式并非永嘉昆剧所独有，浙江武 义的“宣昆”、湖南一带的“湘昆”用的都是这种谱式，似和宋 元南戏有着因袭相承的关系，凌濛初刻本《琵琶记》（臞仙本） 中也有这种记号。